全自動膠囊充填機發生異常故障時可能會導致各凸輪的“配時”錯誤(即各凸輪的動作時序錯誤)，調整時要保證各機構運動不發生干涉。電動機經減速器減速連續運轉，充填轉盤經轉盤工位分度箱產生間歇運動，當需要調整各凸輪“配時”(即各凸輪動作時序)時，應用手柄轉動主電機軸，當充填轉盤到達某一工位時，充填轉盤由運動變為停止并持續一段時間，在充填轉盤停止運動的這一段時間內，應做到：
1、*、二工位上用于膠囊分送的凸輪應將膠囊送至上模塊口；
2、*、二工位上用于利用真空分離器使膠囊帽、體分離的凸輪應上升至下模塊的下平面，并使真空系統產生足夠的真空度以使膠囊順入模塊中并帽、體分離；
3、第六工位上用于將未被分開的膠囊剔除的凸輪應上升剔除殘次膠囊；
4、第八工位上用于將充填好的膠囊鎖合的凸輪應上升鎖合膠囊；
5、第九工位上用于將成品推出的凸輪應上升推出成品。
全自動膠囊充填機間歇時間段過后，充填轉盤開始運動至下一工位，在運動過程中應保證各機構運動不發生干涉，當發生干涉時應看清凸輪動作是過早還是過晚，當凸輪動作過早時應松開凸輪的緊固螺釘將凸輪倒轉，當凸輪動作過晚時，應松開凸輪的緊固螺釘將凸輪順轉，以達到各機構動作不發生干涉。各凸輪“配時”調整好后應再用手柄連續轉動主電機軸使充填轉盤運轉一兩周，確認各機構運動不發生干涉后，才可上電運行機器。
自動方式與調試方式的區別是選擇自動方式時要求工作臺面的四個邊門均關閉才能啟動主電機；選擇調試方式時工作臺面的四個邊門開啟時也能啟動主電機。主電機經變頻器無級調速，通過主接觸器的常開觸頭來起停變頻器，以起停主電動機。
機器具有缺空心膠囊和缺藥物顆粒自動報警系統，當缺少空心膠囊或藥物顆粒時，報警器啟動提示操作人員添加物料。
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